Meter funciones PHP en un archivo .js

[MidnightMoon]

Creo que aquí necesitas una explicación más conceptual que otra cosa, así que te explicaré con palabras burdas.
PHP es un lenguaje de servidor que se ejecuta en servidor.
Javascript es un lenguaje de cliente que se ejecuta en la computadora del cliente.

Con PHP puedes imprimir código que verá el cliente, como HTML, Javascript y eso. Pero no puedes invocar PHP desde Javascript.

Por lo que entiendo, tu alternativa es usar Ajax. Desde el JS, al invocar la función correspondiente ejecutas un Ajax que va a un archivo .php aparte y que hará tus consultas necesarias.

Por lo tanto, tienes que investigar el funcionamiento de Ajax para lo que necesitas.
Hay información en la Wiki de aquí con enlaces externos muy completos:
http://www.forosdelweb.com/wiki/Ajax
Pero te recomiendo, utilizar el Ajax a través de JQuery, es mucho más fácil.

Nos leemos.