Las propiedades del shadow hay que definirlas antes de empezar a dibujar:
  Código PHP:
    <canvas id="dibujo" width="250px" height="250px"></canvas>
<script>
var x = [];
var y = [];
 
var canvas = document.getElementById('dibujo');
var ctx = canvas.getContext('2d');
 
var altura = canvas.offsetHeight;
var anchura = canvas.offsetWidth;
 
//fondo+rectangulo
ctx.fillStyle=('RGBA(230,230,230,1)');
ctx.fillRect(0,0,anchura,altura);
ctx.strokeRect(0,0,anchura,altura);
ctx.lineWidth = 1;
 
x[0]=10;
y[0]=10;
//puntos
 
for(var i=0;i<=10;i++){
 
    x[i+1] = x[i] + 20;
    y[i+1] = y[i] + 20;
    ctx.shadowOffsetX = 3;
    ctx.shadowOffsetY = 3;
    ctx.shadowBlur = 5;
    ctx.fillStyle=('rgba(255,0,0,1)');
    ctx.beginPath();
    ctx.shadowColor = 'rgba(255,0,0,1)';
    ctx.arc(x[i],y[i],1,0,2*Math.PI,true);
    ctx.closePath();
   ctx.fill(); 
   
}
</script>