¿Puedes explicar con más detalle a qué llamas "subir tablas de un tema a la BBDD"?
Supongo que la forma correcta de crear opciones por defecto de un tema es crearlas como funciones para que se ajusten al activarlo o bien montar el tema, ajustar las opciones y después migrar la instalación.
Pero no entiendo cual es tu pregunta, qué necesitas hacer exactamente: instalar WordPress, migrarlo, instalar un tema?