Ponlo asi:
<?php
echo "<h3>Index</h3>\n";
echo "<table>\n";
$directorio = opendir(".");$cont=0;
while ($archivo = readdir($directorio))
{
if($cont==0){echo "<tr>";}
if($cont>3){echo "</tr><tr>";$cont=0;}
$nombreArch = ucwords($archivo);
$nombreArch = str_replace("..", "Atras", $nombreArch);
echo "<td>\n<a href='$archivo'>\n";
echo "<img src='./imagenes/folder.png' alt='Ver $nombreArch'";
echo " border=0>\n";
echo "<b> $nombreArch</b></a></td>\n";
//echo "\n</tr>\n";
$cont++;
}
closedir($directorio);
echo "</table>\n";
?>