Hola rapuig:
No uses nunca en tu código rutas absolutas para enlazar archivos. Es por comodidad, por que si por algún motivo tienes que cambiar de dominio tu web, no vas a ir cambiando en todos los códigos todas las rutas absolutas que tengas.
Por lo que puedo entender, tienes tu pagina 404 en un directorio de tu dominio. Si en tu pagina principal enlazas a tu estilo de esta manera:
Código HTML:
Ver original<link rel="stylesheet" type="text/css" href="miestilo.css"/>
cuando quieras llamarlo desde miweb.com/directorio tienes que escribirlo de esta otra:
Código HTML:
Ver original<link rel="stylesheet" type="text/css" href="../miestilo.css"/>
Pruebalo y me dices cosas.
Saludos