restar valor base de datos cada x tiempo

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si el servidor lo tienes en linux y sabes de bash puedes hacerlo configurando un fichero que ejecuta bash periódicamente.
evidentemente esto se sale de php.

podrías hacerlo en javascript, el problema vendría cuando el cliente desactive javascript de su navegador.

de todas formas esto es un problema para una aplicación en C++, java, etc. programas del lado del servidor que pueden auto-llamarse y puedan trabajar con la base de datos que usa la web