Holas, eprado.
Por supuesto que el resultado te dará siempre 1, ya que el mysql_num_rows cuenta la cantidad de registros retornado, y tú en la consulta estás haciendo ya el conteo (con el COUNT), que siempre te retorna 1 solo registro (a no ser que estés agrupando más columnas).
En vez de hacer mysql_num_rows, obtén el valor directamente del result, algo como:
Código PHP:
$fila = mysql_fetch_array($result);
$total = $fila[0];
Saludos!