El dialogo de jQuery por default es draggable y resizesable. También se centra automáticamente. Podría ser que este chocando una clase css con el dialogo que tienes.
Tengo un pequeño tutorial donde muestro como funciona el dialogo, lo puedes revisar aquí:
Crear un Dialogo simple con jQuery UI :
http://behstant.com/blog/?p=97
Prueba con esto, si aún quedan preguntas puedes realizarlas !!