Y por lo pronto te doy 2 opciones,
http://notepad-plus-plus.org/ para convertir el archivo que estás editando.
Y
http://www.rotatingscrew.com/utfcast.aspx para convertir los archivos de tooooooda una carpeta. En este último puedes dejar tus originales como están y copiar los convertidos a una carpeta nueva. Como siempre comento, trabaja con un respaldo antes de hacer algo en lotes.