mira no se si es lo que algún día me paso y me cuestionaba, pero haz de cuenta que tu cuando abre un pop up pues simplemente pones la pura ubicación del arcchivo, aja? hasta ahi vamos bien, bueno cuando estás abriendo una ventana nueva pues lo lógico es que no te va a respetar el nombre de los frames por que son ventanas independientes, sin embargo si en el pop up pones la dirección completa te tiene que abrir en el frame derecho la página que mencionas, intenta con eso, seguramente nada más estas poniendo:
archivo.htm o algo asi, pero si pones la ruta completa verás la diferencias
http://www.servidor.com/archivo.com ahhh pero ojo que no se te olvide en que frame quieres que te lo abra si no da lo mismo, suerte..