Estructurar una página web

[Sendoa89]

Buenas noches. Desconozco si este es el mejor sitio para este tema, asi que pido disculpas por anticipado si no lo es.
Mi problema es el siguiente, voy a hacer un trabajo de fin de grado, y aunque sea un poco de "andar por casa", me gustaría que fuese lo más práctico posible. Es una especie de DropBox, pero con las carpetas ya definidas. Cada usuario que se registra, tiene un espacio en el servidor para almacenar sus archivos. Este espacio ya está definido por las asignaturas del grado. Caso práctico:

El alumno Juan Fernandez se registra en la aplicación, con el id 46 (que le asigna la BBDD), se le da de alta, y automaticamente se le crea una escructura de carpetas, con esta estructura:

Raiz (carpeta "www" del AppServ)
private
|____46
||____primero
|||____asignaturas (index.php que muestra el contendio de cada carpeta)
||||____...
||____segundo
|||____asignaturas (index.php que muestra el contendio de cada carpeta)
||||____...

Un script hace que le permita subir archivos, eliminarlos, listarlos, navegar por carpetas... Ahí no hay ningún problema. Mi duda es, ¿es esta la mejor manera de estructurar la aplicación? Si en algún momento cambio la estructura, tengo que copias/sobreescribir una plantila sobre TODOS los directorios y páginas "index.php" de los usuarios, ¿es esta una buena prática?

Los links se muestra de esta manera:
Servidor > private > 46 > primero > index.php (por ejemplo, para mostrar el contenido de la carpeta "primero" del usuario con el id 46)

Pero también por $_GET podría pasar parametros para que se muestre asi:
Servidor > private > primero > index.php?idUser=46
¿Cual es mejor?

Soy bastante novato en cuanto a aplicaciones web, por lo que ando bastante perdido. Se admiten críticas, mofas, etc, pero sobre todo, se agradecerán soluciones.
Muchas gracias de antemano.