Según el manual de PHP, que no se si has leído dice
Cita: file_get_contents() es la manera preferida de transmitir el contenido de un fichero a una cadena.
es decir... que tu todo lo que esté en tu página, ya no será código, sino un simple string, la función <?php ?> ya no es una etiqueta PHP sino una simple cadena cuyo valor es <?php ?> por tanto se mostrará en el código fuente.
No sabemos que es lo que quieres hacer, pero la funcion file_get_contents está haciendo su trabajo.