garcicom:
No se que menú javascript estás usando, pero deberías hacer dos funciones una antes que se despliegue para ocultar todo lo que queda arriba del mismo y otra después para volver a visualizarlo. Te recomiento que leas las FAQs de esta página,
http://www.burmees.nl/menu/menus.htm, para entender lo que te digo, de paso te comento que el menú es muy bueno.
Saludos