No. El formato avi no es adecuado.
No. Cambiar una extensión no es cambiar el formato de un video.
No. El formato FLV no es el más adecuado, es mejor el mp4.
A menos que seas un gigante de la industria con miles de núcleos a tu disposición, el tú hacer una conversión de archivos en tu servidor no es nada viable. Que suban un mp4 y ya.
Las opciones son que te apegues a un estándard. Usa una librería para reproducir formatos estándard.
Revisa esto en la sección video:
http://www.forosdelweb.com/f175/refe...4/#post3991758
y esto:
http://www.forosdelweb.com/f3/conver...ratis-1052472/
Te muevo a html5.