La solución que das no la veo.
¿Por qué impedir el rastreo e indexado de determinadas URL's sólo porque tienen las etiquetas de título duplicadas?
¿No has pensado que a parte del título, esas páginas tienen contenido?
Como digo, no veo la solución que das, y la mejor solución para el tema pasaría por ir repasando una a una esas URL's que dices que "no te interesan" y modificar el título de las mismas.
Utilizando la etiqueta canonical en este caso no te serviría de nada, ya que se supone que cada página, aunque tengas idéntico título, tienen distinto contenido.