En primer lugar debes entender que el navegador no ejecuta PHP, eso lo hace un servidor, así que de entrada era imposible que funcionara tu código.
Ahora, sabiendo que PHP se ejecuta en el servidor, ¿qué te impide cargar desde una URL el script de código PHP?
Es decir, así como en la barra del navegador ves el scrip.php también puedes cargar dicho script y que el resultado se muestre en tu ventana.
Cita: window.open('script.php');