Cita: El problema es que al tener los dos jar en la máquina (clase.jar y clasenueva.jar) no funciona, el programa se queda bloqueado.
¿A qué te refieres con "en la máquina"?
Los paquetes existen para poder diferenciar distintas clases que se llamen igual, si tienes dos jar de distintas versiones de un proyecto en el classpath, teniendo en cuenta que tendrán las mismas clases en los mismos paquetes, ¿cómo esperas que la JVM sepa cuál tiene que usar?