Cita:
Iniciado por zanxez 
Aún con esto supongo que es mejor redireccionar el .es al .com, y que de esta manera cuando entres a cualquiera de los dominios vaya al www.midominio.es, verdad?
Lo que pongas en las WMT tan sólo será un aviso para decirle a Google cómo quieres que lo muestre, pero de nada servirá que pongas como dominio preferido tal o cual, si no haces las respectivas redirecciones desde el .htaccess (de www a sin www o viceversa y del .com al .es o viceversa).