Hola:
Un programa java compilado (.class, .jar) no es nativo de ningún microprocesador, así que el programa en sí no se ejecutará como nativo en ninguna circunstancia en ningún sitio. El java compilado es nativo de un microprocesador ficticio que no existe en la realidad, llamado picojava o algo así, que sólo existe sobre papel (
http://en.wikipedia.org/wiki/PicoJava )
La máquina virtual java (jvm o runtime o como quieras llamarla), es en realidad un emulador de ese picojava que no existe. Si corres jvm 64 bits sobre un micro 64 bits, el emulador correrá como nativo (esa jvm es un exe, java.exe). Si corres una jvm 32 bits sobre un micro 64 bits, el emulador también correrá como nativo (sigue siendo el java.exe de windows), pero posiblemente lo haga de forma menos eficiente. Y todo esto no tiene nada que ver con el programa java concreto que estés ejecutando o cómo lo hayas generado.
Se bueno.