Creo que en el boot.ini se debe agregar también la línea sobre la partición donde esta instalado el 2ª SO.
Si te menciona partición 1 para el que ya estaba. tienes que agregar línea donde mencione Partición 2.
Algun experto te indicará mejor
Este es un ejemplo de un archivo de Boot.ini predeterminado de un equipo con Windows XP Professional.
Cita: [boot loader]
timeout = 30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOW S
[operating systems]
multi (0) disk (0) rdisk (0) partition (1) \WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
Este es un ejemplo del archivo Boot.ini anterior con una instalación anterior de Windows 2000 en una partición independiente.
Cita: [[boot loader]
timeout = 30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOW S
[operating systems]
multi (0) disk (0) rdisk (0) partition (1) \WINDOWS="Windows XP Professional" /fastdetect
multi (0) disk (0) rdisk (0) partition (2) \WINNT="Windows 2000 Professional" /fastdetect
Inf en
http://support.microsoft.com/kb/289022/es
Dependiendo en cual partición tienes tus SOs