Problemas con rutas al generar un jar

[Xerelo]

Para empezar, src es el directorio donde se guardan los archivos fuentes, que no se suele incluir en el jar ya que no son necesarios para la aplicación.

Cuando generas un jar, las rutas son relativas al jar, por lo que src/fichasCreadas/ significa que estás buscando eso dentro del jar, y como es un archivo creado durante la ejecución no debería guardarse dentro del jar.

O usas rutas absolutas o le indicas al jar que el fichero que busca está fuera del jar, bien montando la ruta a partir de la ubicación del jar, bien con rutas relativas.