Por defecto Rails no utiliza llaves foraneas, puedes definir un index que puede actuar como llave foranea y asi ganar rendimiento. Pero rails no utiliza llaves foraneas, todas las relaciones las hace por medio de los modelos con los methodos belongs_to y esos metodos de relaciones.
Te recomiendo que leas la documentacion oficial de Active Record
http://guides.rubyonrails.org/active_record_basics.html
Buscando en google encontre esta gema que sirve para agregar las llaves foraneas.
https://github.com/matthuhiggins/foreigner
Nunca la he usado.
Saludos!