En primer lugar deberías tener claros los conceptos detrás de lo que llamas "transformación" porque de ningún modo es una transformación.
Es decir, una aplicación escrita en PHP necesita un intérprete de código PHP.
Dicha aplicación, al ser web, requiere de un intérprete de tecnología Web (html, css, js): un navegador.
Además si la aplicación usa otras tecnologías como base de datos, entonces requiere de dichos servidores instalados y corriendo también.
En dado caso ninguna de estás tecnologías está atada al sistema operativo, de ningún modo es una "aplicación de escritorio", eso esa una completa tontería.
Es una aplicación web encapsulada, autocontenida, etc.
Así que mi respuesta es la siguiente: no uses PHP para esto, es absurdo, en todo caso deberías usar una tecnología de otro tipo para hacer "aplicaciones de escritorio".
¿Alguna que empaquete aplicaciones web para escritorio?
Prueba node-webkit, abandona PHP.
Edito: revisa este video
http://vimeo.com/97881078