Acudir al manual de referencia... tiene un capítulo de dicado al tema, y también en San Google, donde encontrarás varias formas de lograrlo.
http://egil.biz/how-to-recover-mysql-data-from-innodb/
DE todos modos, la mejor opción de todas es
hacer un backup normal en la base del servidor, y usarlo para restaruar en el servidor destino.
Esa sería la forma
correcta de trabajar...