Hola JairLizcano
Bueno a mi me pasaba mucho lo mismo que te pasaba a ti pero conseguí un archivo que se llama
proxy.exe la función de este archivo es ocultar la ventana del DOS fastidioso que siempre aparece cuando llamas un archivo externo dentro de una carpeta fscommand.
Lo único que tienes que hacer es colocar dicho archivo
proxy.exe dentro de la carpeta y renombrarlo con el mismo nombre del archivo.bat que estas llamando. Que en ese caso quedaría
nombreArchivo.exe.
Aquí tienes este post que te va a servir y para que descargues el archivo.
Espero te sirva de ayuda
Saludos