Estoy desconcertado, utilizo habitualmente
VirtualDub (tengo todas las versiones, incluyendo la 1.5.10) y no encuentro el menú
Streams al que haces referencia. Cuando hay un video con más de un audio se selecciona (por lo que indirectamente se deshabilita el que no se elige) en el menú
Audio, subemenú
Source audio y comandos
Stream 1 o en su defecto
Stream 2.
Si haces lo descrito anteriormente no tiene que haber ningún problema con la renderización del nuevo archivo. A continuación te dejo un enlace para que veas una captura de donde se encuentra el comando:
https://drive.google.com/open?id=0B0...cWs&authuser=0
Espero haberte sido de utilidad.