Buenas,
Cita: El PC 2 solamente es una "ventana" hacia el PC 1 (en donde está instalado MySQL), en el PC 2 NO está instalado MySQL.
Creo que entiendo lo que te te estas imaginando, pero siento decirte que no funciona asi.
Cuando desde PC2 ejecutar el fichero compartido alojado en PC1, ese ejecutable se carga en la memoria de PC2 y se procesa por este como si fuera un fichero local. Por tanto, si desde PC2 no hay acceso a la base de datos entonces te va obviamente a fallar.
Cuando hablas de 'ventana' supongo que te refieres a trabajar en modo 'terminal' (abrir una sesion grafica remota). Para conseguir esto no basta con desactivar el firewall y compartir el fichero, sino que has de utilizar una solucion mucho mas sofisticada.
Si, como creo, trabajas en windows, podrias utilizar la capacidad de Windows Server de activar sesiones remotas, accesibles desde el RDC (
http://www.techotopia.com/index.php/...Administration).
Otra solucion seria utilizar solutiones de virtualizacion como Citrix (
http://www.citrix.com/).
En cualquier caso, cualquiera de estas soluciones va a ser bastante costosa.
En tu caso, que es de pequena escala, lo mas logico seria tener un servidor de base de datos independiente y accesible desde todos los puestos, y ejecutar desde estos el jar, que puedes tenerlo distribuido en cada puesto o bien compartirlo desde un servidor comun.
Un saludo