Si claro Puedes filtrar la consulta o aplicar ese condicional al tr on a los td
     
Código PHP:
Ver original- if($var1!=0 && $var2!=0 && $var3!=0 && $var4!=0){ 
-  echo "<tr> 
- <td><center>$var1</center><input name='txtnopro[]' type='hidden'  value='$var1' size='48'readonly/></td> 
- <td><center>$var2</center><input name='txtcotiz' type='hidden'  value='$var2' size='5' readonly/> 
- <td><center><input name='txtcantidad[]' type='text'  value='$var2' size='1'/></center></td> 
- <td><center>$var4</center><input name='txtcotizado' type='hidden'  value='$var4' size='5' readonly/> 
- <td><center>$var3</center></td> 
- <td><textarea name='txtobs[]' type='text'  value='' size='15'></textarea></td> 
- </tr>"; 
- }