Cita: - Skip creation of FOREIGN KEYS
Esta opción se indica para
no crear las FK. Así las relaciones jamás se crearán.
Cita: También he verificado que la casilla "skip in SQL generation" esté activada para cada FK de cada tabla del modelo.
Eso indica que
no se creen las tablas indicadas...
Creo que te está faltando algo de conocimiento de inglés.
Por otro lado, si al eliminar esas selecciones sigue sin crear las las FK, hay que verificar cómo estás definiendo cada campo y cada relación.
Recordemos que una FK tiene ciertos requisitos:
1) Una FK sólo puede apuntar a una PK. Excepcionalmente, MySQL admite apuntarla a una clave UNIQUE.
2) Debe ser del mismo tipo de dato que la PK a la que apunta.
Exactamente el mismo. Si son de caracteres, igual longitud, charset y collation. Si son numéricas, mismo tipo, longitud y rango. Si son de fecha, igual tipo.