Para lo que quieres no sería mejor que el botón no cierre el popup y sólo provoque un postback, dejando AutoPostBack="true" en el panel de propiedades del botón.
También puede ser que el modal pop up tenga un input button en vez de un control button, en ese caso cambialo y listo.
También puede ser que el modal pop up tenga un alert o un confirm. Entonces lo que debes hacer es controlar el botón (
http://www.w3schools.com/js/js_popup.asp) y provocar un postback (
http://stackoverflow.com/questions/1...ith-javascript).