Muchas gracias por tu ayuda! resulto que si mandaba llamar mi servlet con javascript era lo que me hacia, así que lo mando llamar con un FORM y todo perfecto, me descarga el excel después de generarlo. Tenia el problema para pasarle los parámetros pero con el form se soluciona.
Por si a alguien le ayuda:
JSP
Código PHP:
<form action="/MiServlet" method="POST">
...
....
<input type="submit" id="Generar" value="Generar"/>
Servlet
Código PHP:
response.setContentType("application/vnd.ms-excel");
response.addHeader("content-disposition",
"attachment; filename=Test.xls");
Workbook libro = new HSSFWorkbook();
Sheet hoja = libro.createSheet("Movimientos RH");
Row fila1 = hoja.createRow(0);
Cell Ctitulo = fila1.createCell(0);
Ctitulo.setCellValue("MOVIMIENTOS " + folioInicial + " AL " + folioFinal);
....
...
...
libro.write(response.getOutputStream());