Buenas,
Aqui tienes una forma de hacerlo:
http://stackoverflow.com/questions/4...va-application
Basicamente tienes que lanzar el comando que ejecuta la aplicacion y, una vez lanzado, cerrar la instancia actual.
En cualquier caso... estas seguro de que tienes que reiniciar?
En teoria, si haces esto despues de cambiar el lookandfeel, te deberia cambiar sin necesidad de reinicio:
Un saludo