Problema .htaccess joomla 3 + sh404sef. errores 500 y 404

[BloodyBakala]

Espero que sigais todos bien.

Hoy tengo una duda con mi .htaccess

he terminado un proyecto web en local con la ultima version de joomla sh404sef e hikashop.
Procedo a subirlo y lo curioso es que no me funciona con el .htaccess dentro de esa subcarpeta en mi hosting. Por defecto me coge el .htaccess de mi root en el que hay otra web directamenet en el root ( para que vaya mas rapido al ser hosting compartido).

Si quito el .htaccess de mi nueva web dentro de la subcarpeta, me coge el del root, y si le pongo el .htaccess me da errores 500 y 404 de archivo no encontrado.
Por lo tanto el sh404sef no me funciona correctamente con los productos de las URLS, ya que supongo que la no tener un .htaccess directo no encuentra los productos y da errores.

Que recomendais?

* Por lo demás he encontrado un par de urls pero que me vuelvo loco con ello respecto al sh404sef, no se si el problema irá por ahí, echarle un ojo que vais a aluciflipar.

http://www.itoctopus.com/sh404sef-how-to-re-generate-all-the-links-on-a-migrated-joomla-website

http://www.webholism.com/blog/sara/migrating-joomla-website-new-hosting-uses-admin-tools-sh404sef/

Saludos y Gracias