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Iniciado por Souf 
Hola,
Si las indexa Google es que existen (o que las apunta algún sitio). Deberías revisar todos los enlaces o páginas generadas.
¿Da algún código de error cuando entras en esas urls con valores vacíos?
Lo otro que puedes hacer también es entrar en Google webmaster tools y desindexar las que te dan problemas para que no vuelva a pasar.
Saludos
Ok Souf, intentaré hacer lo que dices.
Aún así (hablo desde el desconocimiento), me refería a si hay una manera de decirle a Google cuál es la estructura que debe seguir para visitar la web. Por ejemplo, si mi url es misitio.com/index.php?x=1&y=2&z=3 no se si hay una manera de decir que "y" no puede estar vacía, o que "z" no puede tener nada si "y" está vacía y cosas así.
Ya digo que hablo desde el desconocimiento y no se si estoy diciendo barbaridades.
Muchas gracias por la ayuda :)