Necesitas aprender la diferencia entre PHP-CGI y PHP-CLI, si la versión de CGI es diferente a la CLI entonces tienes versiones duplicadas.
Cita: Queria intentar aprender a usar un framework pero esto me esta quitando las ganas...
Antes de usar paquetes pre-fabricados para usar PHP deberías aprender un poco más de él.
Si no tienes destreza en la consola ningún framework moderno te servirá.