Problema al insertar muchos registros en MySQL simultáneamente

[Libras]

Muy pocos registros y porque lo haces con un while?? si vas a insertar de una tabla A los que estan o no estan en una tabla B lo puedes hacer con una sola consulta no ocupas un ciclo while, si mal no recuerdo el tiempo promedio para una conexion son 30seg(que alguien me corrija si estoy mal) aqui podrias cambiar el parametro de la conexion y dejarla sin timeout para esta insercion o como te dije quitar el while y hacer la insercion por bloques de registros :)