El dominio preferido es aquel que te gustaría utilizar para indexar las páginas de tu sitio; en ocasiones se hace referencia a él como el "dominio canónico". Los enlaces pueden dirigir a tu sitio mediante las versiones con o sin www de la URL (por ejemplo,
http://www.example.com y
http://example.com). El dominio preferido es la versión que quieres que se use para tu sitio en los resultados de búsqueda... Esto no lo digo yo, lo dice la Search Console, la antigua Webmaster Tools de Google.
Des de mi punto de vista es bueno que identifiques en .htacces cúal es tu 'versión preferida' y que hagas lo mismo en la Search Console...
Otro consejo es que antes que hacer nada recapitules más opiniones porqué todo esto avanza muy rápidamente... y lo que era bueno ayer, mañana influye negativamente en el seo.
Suerte!