Cita: puedo insertar, pero me salta este fallo al intentar recuperar algún dato
Por qué no lo comentaste en el primer post? Por lo que comentabas parecias indicar que el error se producia sistematicamente al arrancar.
En cualquier caso las trazas que pones siguen siendo genericas y no relacionadas con el verdadero error. Tienes que tener un 'caused by' o alguna referencia a alguna clase de tu proyecto que es en la que origina el problema.
El error que comentas: "Updating the index from remote failed" es un error de Eclipse que se produce por problemas con el proxy normalmente ligado al uso del plugin de Maven. Puede estar relacionado con el verdadero error o no. No indicas ninguna informacion al respecto (no sabemos si es una nueva version, si lo utilizabas antes con la aplicacion en tomcat o es nuevo, si pruebas desde el mismo ordenador u otro, etc etc etc).
Un saludo