Cita: pero no he visto ninguno que muestre cómo integrar mi control de usuarios y diversos repores de un aplicativo
Precisamente eso es un framework para front-end.
Bootstrap tiene componentes para formularios: entonces es tu obligación saber usarlos para maquetar lo que necesites.
Evidentemente los "reportes" es algo que también está fuera de su alcance.
Bootstrap no resolverá consultas, ni validaciones, etc.