Estás entendiendo todo mal.
Bootstrap sólo son archivos .css, .js, algunas fuentes, etc.
Por eso es un framework de front-end ¿si entiendes el término o no?
Sólo es cuestión de cargar los archivos de bootstrap en tu aplicación como cualquier otro recurso, y entonces aplicar los cambios al HTML y CSS según necesites.
No necesitas "meter tu aplicativo a bootstrap", en cambio sí debes
integrar bootstrap a tu aplicativo.