En primer lugar tus dudas son de base de datos, debiste publicar en el foro de base de datos y no aquí.
En segundo término usar una sola base de datos para todas las tablas no es ningún problema
¡pues para eso fueron diseñadas! 
Como ejemplo este foro: tiene muchos sub-foros, mensajes, privados, etc.
¿Crees que usa varias bases de datos al mismo tiempo? No.
Además gestionar la misma información a través de múltiples bases de datos no creo que sea nada conveniente, eso te lo sabrán explicar mejor en el foro de base de datos.
