Te estás ahogando en un vaso de agua, aún así incluyas un script con 1000 funciones eso no hará lento tu sistema.
Si tanto te preocupa la velocidad tendrás que hacer uso de muchas técnicas, y la más insignificante es y siempre será: reducir el número de funciones en un script.
El hecho es que PHP cargará el 100% de tu código que incluyas, con include/requiere claro está, aunque no se ejecuten todas las funciones.
O mejor aún, ¿sabías que PHP ya incluye miles de funciones que jamás en tu vida podrías necesitar usar?
Tranquilo y mejor invierte tu tiempo en resolver problemas reales.
