Hola, exactamente con cual de las urls que haces rewrite es la que no te funciona?
Supongo yo, por tu codigo, la unica url que quizas reescribe es la de la linea id=$1, no?
Hazlo asi:
Código htaccess:
Ver originalRewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ ?id=$1 [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteRule ^(.*)$ ?id_autor=$1 [L]
Avisanos con mas detalle.
Saludos