Afectará mi posicionamiento web un redirect 301?

[yole]

Buenas tardes.
Necesito un par de buenos consejos..
Hace poco nos hakearon el sitio (vulnerabilidad en la programación).

Contrate un nuevo servicio de hosting y ahí me recomendaron que la nueva web la montara en otro directorio, es decir, anteriormente mi web era: www.miSitio.com y que ahora la montara en: www.miSitio.com/carpera/miNuevaPaginaPrincipal.php y que con htaccess hiciera un redireccionamiento 301. Esto para darle un poco de seguridad mientras vamos tirando en esta nueva carpeta la nueva web. Lo cual entiendo seria transparente para el usuario, ya que al teclear www.miSitio.com será dirigido automaticamente a www.miSitio.com/carpera/miNuevaPaginaPrincipal.php

Mi duda es, qué pasa con el tema de posicionamiento que ya había ganado con el tiempo? me afectará considerablemente?, es buena esta alternativa?

Muchas gracias leer y por las posibles sugerencias.
Saludos!