caramba en un archivo php solo sirve el include con cotro php o txt en tal caso si mal no recuerdo
index.php
no deberías de tener problemas, es algo que hago casi a diario y dormido, me ha tocado editar muchas plantillas y pues simplemente deshueso las secciones en archivos php diferentes y de esa maneras las incluyo, no tiene misterio, solo cambia la extensión al archivo que estas incluyendo tambien.
http://php.net/manual/es/function.include.php