Llenar tabla intermedia

[guaruzo]

Hola, tengo una duda.

Tengo dos tablas: alumnos y asignaturas con relación muchos a muchos. La tabla intermedia tiene las claves de ambas tablas.
Ya en uso real de este sistema, ¿en qué momento se llena la tabla intermedia? porque se me ocurren dos opciones:
1.- Primero se llena la tabla asignaturas con un formulario especial para ello, después la tabla alumnos con otro formulario y por último la tabla intermedia con un formulario de inscripción donde alumno y asignatura se llenen sólo con las claves primarias de las otras tablas.
2.- La segunda opción que se me ocurre: primero lleno la tabla de asignaturas y después en un formulario de inscripción recojo todos los datos del alumno incluyendo la asignatura y en el código hago dos consultas consecutivas a la base de datos, la primera inserta los datos del alumno y la segunda llena los campos de la tabla intermedia pues vienen en la información del formulario de inscripción.
¿Me podrías orientar? Muchas Gracias!