Es probable que si sea el dato que mencionas:
"no me carga los que tienen doble punto ".min.js"
Lo que puedes hacer es usar comodines que completen la parte de la ruta que incluye los puntos, por ejemplo en vez de:
Código C#:
Ver original"~/Content/plantilla/Js/jquery/jquery-1.11.2.min.js"
sería
Código C#:
Ver original"~/Content/plantilla/Js/jquery/jquery-*"
Piensa bien como usarás los comodines para que no incluya archivos que no deseas, en el caso citado si tienes un "jquery-prueba.js" este también sería incluido porque cumple con "jquery-*"