No es problema del frameset... el problema ES el frameset.
Es una tecnología Obsoleta, Kaput, Done, Nada, Finito, Zip...
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Bueno. Para tu problema específico... Debes de entender la lógica. La página que estás cargando es la primera. La que trae los extintos frameset. Lo que esté cargado dentro de esos frames ya es otra cosa, ya no tiene por qué tener iconos.
Pero el "shortcut icon" también es obsoleto. Es para el IE8, no para nadie más. Usa
<link rel="icon" href="favicon.png"> https://stackoverflow.com/questions/...avicon-support
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Pero saliendo de esa cápsula del tiempo, haz un menú CSS y fíjalo del lado izquierdo y ya.
No uses más eso.
http://www.forosdelweb.com/f91/hable...munes-1048430/