A mi siempre me ha ocurrido también, pero no solo con el eMule, si no con los otros programas de este tipo (eDonkey, Overnet...).
Tengo entendido que no a todo el mundo le pasa, así que supongo que por lo menos en algunos casos tendrá solución. Otra cosa curiosa que me ocurre algunas veces cuando cierro el programa en cuestión, es que me aparece un pantallazo azul, pulsando una tecla suele desaparecer pero la conexión a Internet queda petada y tengo que reiniciar a la fuerza para recuperarla
Salu2