Si.. a mi tambien me pasa algo parecido cuando lo cierro.. yo tengo Windows 2000 y cuando lo cierro me dice que el programa no responde y me dice si quiero Finalizar la tarea.. por eso generalmente lo que hago es primero desconectarme del EMULE.. o sea.. desconectarlo del servidor al cual este conectaod y luego lo cierro y ahi no me dice nada.. por que se ve que lo que tarda es desconectarse y cerrar los archivos que esta bajando.
Proba con eso..
nos vemos.